兩種途徑在商標注冊申請審查方面并無差別。其主要區別是發生聯系的方式不同、提交的書件和文件遞交方式稍有差別。
在發生聯系的方式方面，自行辦理的，在辦理過程中申請人與商標局直接發生聯系；委托商標代理機構辦理的，在辦理過程中申請人通過商標代理機構與商標局發生聯系，而不直接與商標局發生聯系。
在提交的書件方面，自行辦理的，申請人應按規定提交相關書件；委托商標代理機構辦理的，申請人還應提交委托商標代理機構辦理商標注冊事宜的授權委托書。
在文件遞交方式方面，申請人自行辦理的，由申請人或經辦人直接將申請文件遞交到商標局商標注冊大廳（也可到商標局駐中關村國家自主創新示范區辦事處，商標局在京外設立的商標審查協作中心，或者商標局委托地方工商和市場監管部門設立的商標受理窗口），申請人也可以通過網上申請系統提交；代理機構可以將申請文件直接遞交、郵寄遞交或通過快遞企業遞交商標局，也可以通過網上申請系統提交。
在文件送達方式方面，申請人自行辦理的，商標局的各種文件是送達當事人；委托商標代理機構辦理的，文件送達商標代理機構。